Tabela 2.6. Exemplos de alterações genéticas em oncologia pediátrica e suas consequências clínicas
Marcador genético molecular
Malignidade
Citogenética
Método de teste Consequência clínica
LLA de risco muito alto t(9;22)
RCP
Terapia direcionada disponível
BCR-ABL1
Leucemia mieloide crônica
t(9;22)
FISH
Terapia direcionada disponível
BCR-ABL1
Sarcoma de Ewing
t(11;22)
RT-PCR NGS
Confirmação do diagnóstico
EWS-FLI1
Neuroblastoma
(2p24)
RCP FISH
Marcador de doença agressiva
Amplificação de MYCN
Nota . LLA = leucemia linfoblástica aguda; FISH = hibridização fluorescente in situ; NGS = nova geração de sequenciamento; PCR = reação de polimerase em cadeia; RT-PCR = transcrição reversa-reação de polimerase em cadeia.
papel no desenvolvimento de medicamentos molecularmente direcionados para tratar cânceres pediátricos (Hawkins et al., 2016). Alterações genéticas podem ser identificadas por teste citogenético ou molecular. Citogenética convencional (teste de cariótipo) A avaliação citogenética tradicional (também chamada de cariotipagem) usa um mapa de 46 cromossomos humanos de uma célula humana diploide normal para identificar alterações na disposição, tamanho, formato e número de cromossomos em uma amostra de medula óssea ou sangue periférico (Hoehn e Loghavi, 2014). Em um processo chamado de bandeamento G, células em divisão ativa são selecionadas da amostra e colocadas para crescer em um meio especial no laboratório. A partir dessa amostra, as células em metáfase são selecionadas e marcadas com uma coloração de Giemsa para facilitar a visualização do padrão de bandeamento dos pares de cromossomos. O processo leva 1–2 semanas (Triche et al., 2016). Genética molecular A citogenética convencional é capaz de identificar alterações cromossômicas observando o cromossomo como um todo. A tecnologia moderna já é capaz de avaliar essas mesmas anomalias cromossômicas no nível molecular identificando os genes específicos no cromossomo onde ocorreu a anomalia. Alguns tipos de teste podem até mesmo identificar a anomalia genética no nível da transcrição de DNA. Marcadores genéticos já foram identificados para muitas malignidades pediátricas. Muitos desses marcadores também podem ter significância para o prognóstico. Os testes genéticos moleculares podem buscar marcadores específicos por meio de técnicas como testes FISH ou PCR. Mais recentemente, testes abrangentes de genomas inteiros se tornaram disponíveis, permitindo que os pesquisadores buscassem alterações genéticas que pudessem ser tratadas com terapia direcionada. Na última década, foram feitos progressos significativos na delineação de possíveis defeitos genéticos associados ao início, promoção e progressão maligna e metástase no câncer infantil (Plon e Malkin, 2016). Alterações genéticas que ocorrem dentro de células malignas são comuns e reconhecidas por meio de análises moleculares e citogenéticas. Com frequência, amostras de sangue periférico, medula óssea e tecido tumoral são enviadas para laboratórios especializados para análises moleculares ou citogenéticas.
Diversos testes genéticos moleculares são realizados para avaliar o estado genômico da célula, como FISH, SKY, SNP microarray, PCR e NGS. Hibridização fluorescente in situ (FISH) A FISH utiliza sondas de DNA rotuladas com diferentes etiquetas coloridas fluorescentes para isolar e identificar material genético em regiões específicas do genoma de um paciente. As sondas FISH individuais usadas variam de acordo com o tipo de câncer a ser testado. Ao contrário da análise citogenética convencional, a tecnologia FISH não exige que a célula esteja na metáfase. O ensaio FISH ajuda a detectar diversas anomalias cromossômicas, incluindo deleções, duplicações e translocações, mais rapidamente do que testes citogenéticos convencionais (Hoehn
e Loghavi, 2014; Leonard, 2011). Cariotipagem espectral (SKY)
A SKY é um teste laboratorial baseado em tecnologia FISH que permite que cada um dos cromossomos do corpo seja “pintado” com uma cor fluorescente diferente. A SKY está sendo utilizada para identificar tumores pediátricos, como neuroblastoma e rabdomiossarcoma, que não podiam ser analisados com técnicas citogenéticas anteriores (Triche et al., 2016). Microarray de polimorfismo de nucleotídeo simples (SNP) O microarray SNP é a técnica mais abrangente para detectar anomalias citogenéticas. Os arrays SNP buscam variações no número de cópias de genes selecionados. (Normalmente, temos duas cópias de cada gene em um cromossomo; quando uma cópia está ausente ou há mais de duas cópias presentes, o gene pode ser expresso de forma anormal.) Variações no número de cópias foram associadas a alguns genes de predisposição ao câncer, como RB1, TP53 e WT1. Arrays SNP são úteis para a identificação de perda de
heterozigosidade (LOH) (Triche et al., 2016). Reação de polimerase em cadeia (PCR)
A tecnologia PCR cria diversas cópias de um segmento de DNA selecionado a partir de espécimes de tecido. Como são feitas numerosas cópias do segmento de DNA específico, quantidades muito pequenas de DNA anormal podem ser detectadas mais facilmente. A PCR é capaz de detectar alterações, translocações, amplificações e deleções no genoma (NCI, 2015b; Triche et al., 2016). Nova geração de sequenciamento (NGS) A NGS envolve a identificação de todas as alterações no DNA de todo o genoma cromossômico, resultando em um perfil tumoral genômico individualizado. O processo busca todos os
22 Plano de Estudos de Quimioterapia e Bioterapia Pediátrica: Quarta Edição
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